九三学社是以科学技术界高、中级知识分子为主的具有政治联盟特点的政党，是接受中国共产党领导、同中国共产党通力合作的亲密友党，是中国特色社会主义参政党。九三学社内蒙古区委的前身是九三学社呼和浩特直属学习小组。上世纪50年代中期，为支援边疆建设，内地知识分子来到内蒙古从事教育、科技工作，多集中在呼和浩特市、包头市，其中有九三学社社员18人。1959年4月，成立九三学社呼和浩特学习小组，小组直属九三学社中央，不对外活动，不发展成员。1981年3月，恢复活动。1982年12月，吸收第一批社员。1983年4月，更名为九三学社内蒙古直属小组。1984年9月，成立九三学社内蒙古自治区第一届委员会。迄今为第九届委员会。第一至三届主委是陈杰，第四、五届主委是罗锡恩，第六至八届主委是刘新乐。2022年7月，九三学社内蒙古自治区第九次代表大会选举产生第九届委员会，同时选举产生了第九届委员会监督委员会，现有委员30名，常委16名，主任委员、副主任委员5名（于仁杰、朱华、刘德、杨跃勇、陈树峰），于仁杰任主任委员。设有6个专门委员会（农林、医药、教育、资源环境、社会建设、高质量发展），5个工作委员会（妇女、老龄社员、青年社员、专家、科普）。

全区共有地市级委员会8个，基层组织91个（其中委员会12个，支社77个，小组2个），社组织覆盖全区11个盟市（呼和浩特、包头、赤峰、乌海、通辽、鄂尔多斯、呼伦贝尔、乌兰察布设市委会、锡林郭勒是基层委员会、阿拉善和巴彦淖尔是社区委直属支社，兴安盟未成立地方组织）。截止2022年12月底，全区社员总数2950人，平均年龄55.8岁；高中级职称社员2644人，占比89.6%；主体界别社员2250人，占比76.3%;女性社员1390人，占比47.1%；45岁以下青年社员838人，占比28.4%；离退休社员1199人，占比40.6%。全区厅级以上领导干部15人，占比0.5%，处级领导干部118人，占比4.0%。担任各级人大代表、政协委员人数为286人，其中全国人大代表1人，全国政协委员1人；自治区人大代表3人，其中常委1人；自治区政协委员33人，其中常委7人。

社区委机关现有4部1室（组织部、宣传部、社会服务部、参政议政部和办公室）。社区委主办发行社内刊物《内蒙古社讯》，开通九三学社内蒙古自治区委员会网站(www.93nmg.gov.cn）及微信公众号。